À Chaintré (1855-1856)
Tout en travaillant à la rédaction du Manuel du Tiers-Ordre de Marie, il poursuit sa réflexion et, finalement, s'en remet à la décision de Pie IX, que le P. Favre doit rencontrer au printemps de 1856. En réalité, au cours de l'audience, il ne fut pas question d'Eymard. Si bien que, lorsque, le 22 avril 1856, le P. Eymard rencontre le P. Favre à Chaintré pour lui demander la réponse de Rome, il n'obtient que celle de son supérieur, et c'est un refus. Eymard demande alors d'être relevé de ses vœux, et sa requête est telle, que le P. Favre acquiesce sur-le-champ. Ce qui ne va pas sans provoquer quelques remous lors d'une rencontre avec le Conseil général. À la demande d'Eymard, le P. Favre sursoit à l'exécution de sa décision et celui-là quitte Lyon pour faire une retraite d'élection à Paris.
De cette longue période mariste, nous avons une documentation assez riche, notamment concernant le Tiers-Ordre de Marie et ses retraites personnelles. Sa correspondance se développe à l'adresse de ses confrères, d'autres personnes, notamment de Marguerite Guillot, rectrice du Tiers-Ordre des vierges. Nous disposons également d'un nombre important de prédications ou d'instructions, classées sous le titre “avant 1856”, sans que l'on puisse, faute de repères chronologiques, les attribuer de façon sûre à la période de son ministère à Grenoble, à sa période mariste ou même à une période postérieure.