Nommé supérieur du collège de La Seyne-sur-Mer, il doit redresser une situation difficile. Sous sa direction, en peu de temps, le collège va connaître un développement singulier. Son attrait pour l'Eucharistie se développe. Il est engagé dans l'Œuvre de l'Adoration nocturne à Toulon, et anime le groupe des Jeunes de La Seyne, commencé par le commandant Raymond de Cuers. Le 18 avril 1853, pendant l'action de grâce de sa messe, il reçoit une grâce de force et de douceur qui le rend capable de tout entreprendre et de tout endurer pour la fondation d'un Ordre voué au saint Sacrement. Il est en relation avec le P. Hermann Cohen, l'abbé Brunello de Marseille, avec de Cuers. Il ébauche des Constitutions, recrute des jeunes qui partagent son idéal. Par personne interposée – le P. Jandel à Rome – il soumet son projet au pape. Mais le P. Julien Favre, supérieur général, s'oppose à une œuvre qui n'entre pas dans la fin de la Société de Marie. Au mois de septembre 1855, épuisé, le P. Eymard est déchargé de la responsabilité du collège et va se reposer au noviciat de Chaintré, près de Mâcon.
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